Dal momento della somministrazione della pillola Ru486, e in forma e misura variabili a seconda delle persone, possono verificarsi effetti collaterali: emorragie (sanguinamento di origine uterina) talvolta abbondanti per un periodo dai 7 ai 15 giorni, crampi, febbre, vomito, diarrea, cefalea.
Sulla questione dei decessi non c'è una letteratura attendibile. Si parla di 14 o 16 morti dal 1988, anche se un documento inviato dalla ditta produttrice al ministero parla di 29 vittime. Nel luglio 2005 la Food and Drug Administration statunitense ha comunicato la morte di 4 donne negli Usa (su 460 mila, lo 0,00087%) successiva al trattamento con Ru486 nei cinque anni precedenti, e successivamente, nel marzo 2006, di altre 2; per tutte la causa è stata una sepsi con sintomatologia atipica, causata senz'altro per le prime 4 da un'infezione batterica da “Clostridium sordelli”, un batterio normalmente non pericoloso presente nella flora batterica intestinale. Si tratta di casi in cui il Misoprostolo era stato somministrato per via vaginale.